Struktur Yayasan Masjid Raya Darussalam terdiri dari Dewan Pembina, Pengawas, dan Pengurus Harian yang mengelola program pendidikan, dakwah, dan sosial secara profesional. Yayasan menaungi Madrasah Darussalam IBS dan Masjid Raya Darussalam dengan sistem manajemen yang terorganisir, akuntabel, dan berorientasi pada pelayanan umat serta pengembangan pendidikan Islam berkelanjutan.